A partir de la versión 4, PDFsam Basic se distribuye con una versión simplificada del tiempo de ejecución de Java que se utiliza para ejecutar la aplicación.. Ya no es necesario instalar Java.

PDFsam Basic v3. x requiere Java 8 con JavaFX instalado. JavaFX está incluido en Oracle Java Runtime Environment, ¿qué pasa con OpenJDK?

java.lang.NoClassDefFoundError: javafx/application/Application

Algunas distribuciones de Linux tienen paquetes separados para OpenJDK y JavaFX por lo que, si instala el paquete OpenJDK e intenta ejecutar PDFsam 3.x, obtendrá un error debido a la falta de JavaFX. : 

Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: javafx/application/Application
	at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
	at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:760)
	at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142)
	at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:467)
	at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:73)
	at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:368)
	at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:362)
	at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
	at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:361)
	at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:424)
	at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:331)
	at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:357)
	at org.pdfsam.community.App.main(App.java:34)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: javafx.application.Application
	at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:381)
	at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:424)
	at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:331)
	at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:357)
	... 13 more
Solución: Instale el paquete openjfx para su distribución Linux.